东北根据地创建初期，我党首先面临的一个重要问题是日益严重的匪患。为了争夺东北，国民党在黑龙江地区收编了7万余敌伪残余和土匪，组成各种名号的国民党军队。他们的扰乱破坏活动，是根据地建设的严重障碍。北满根据地当时从关内来的老部队总共不到1 500人。北满分局撤至宾县后，加紧选派优秀的军政干部去接收各地政权。然而，各地相继发生了反革命叛乱或土匪攻击，共产党干部、革命群众遭到疯狂袭击和屠杀。到1945年底，北满的大部分战略要地和交通线皆被敌军和土匪占领。其中，65座县城有29座为敌人掌握，三分之二的乡镇由敌人控制，敌我力量对比十分悬殊，反革命气焰十分嚣张。

　　松江省除宾县、呼兰、巴彦和双城仍然由我党控制外，各县武装有15个县叛变，人数达1万余。北满分局所在地松江省宾县，曾经几次遭国民党土匪袭击。嫩江、牡丹江、合江和黑龙江省(省会北安)的匪情同样严重，我党派到各地的人员均遭重大损失。嫩江省大部城镇被国民党东北光复军军长马越川等匪部控制，他们配有骑兵、坦克和大炮，共有1.8万人。在泰来县武庙子，土匪策动了反革命叛乱，枪杀了泰来军分区司令员张平洋。盘踞在牡丹江等地的国民党滨绥图佳先遣军司令马喜山、挺进军旅长郑云峰等匪部3 000多人，切断北满与东满的一些主要交通线，袭击列车，死伤100多人。合江省国民党东北挺进军第一集团军上将总司令李华堂、第十五集团军上将总司令谢文东(八一五光复后被国民党收编)等大股土匪约2万人，疯狂烧杀抢劫。在密山县，土匪一次就屠杀群众200多人。他们把3个朝鲜村男女老少全部杀害，房子完全烧光。佳木斯市副市长孙西林遇害。黑龙江省(省会北安)有国民党东北光复军军长尚其悦等匪部1万余人，四处发动叛乱，凶残杀人。驻守孙吴县城的我军战士40人，被敌人杀害、活埋；逊克县县长顾延岭，以及他带去的17名战士，被敌人抓去活埋。延安县政府秘书赵光被派往通北县，遭叛匪枪杀。据有关资料统计，北满根据地仅在一年里就有154名中共党政军干部被敌人杀害，地方部队叛变达3.3万人。

　　对于东北严重的匪患威胁，党中央十分重视，指示东北局要坚决扫荡反动武装和土匪，肃清汉奸力量。根据党中央的指示，东北局将东北划分为东满、西满、南满、北满4大军区，提出了“改编部队、肃清土匪、发动群众”的任务。

　　1945年11月末，北满分局召开了高干会议，确定了彻底消灭土匪的方针，决定集中使用干部，向薄弱的县区派出精明强干的武装工作队，改变“肉包子打狗”方式，采取“到处钉钉子”办法，发动广大贫雇农，开展了轰轰烈烈的剿匪斗争。

　　12月2日，中共松江省工委召开军政干部会议，决定停止发展军队，整顿组织，纯洁内部，集中老干部和主力部队“搞拳头”，消灭土匪，为创建根据地扫清障碍。会议确定了“建军、剿匪与发动群众”三位一体的工作方针，同时成立松江省军政委员会，由张秀山任书记，实行一元化领导，并成立了剿匪司令部，下达了剿匪令。12月20日至28日，中共合江省工委召开扩大会议，制定集中力量消灭依兰、桦川等县土匪的战略方针。黑龙江省工委作出了“巩固克山，保卫拜泉，打下泰安(依安)，然后回解德都之围，以求打开黑龙江局面”的剿匪方针。其他各省也召开相应会议，作出剿匪的具体部署。

　　为了争取在苏军撤离之前，不让匪患在北满、西满蔓延，进而粉碎国民党军队的进攻，加快根据地建设，北满、西满分局除派各省军区部队出兵剿匪外，还请东北局迅速派359旅、山东7师、田松支队、新四军3师等部陆续从南满赶来协助北满、西满根据地剿匪。这些部队到达后，剿匪兵力大大增强。