为贯彻中共吉东、北满省委代表会议精神，1940年4月3日，周保中主持召开抗联7军党的代表会议，第二路军副总指挥赵尚志及抗联7军党组织代表38人出席了大会。会上，周保中传达了中共吉东、北满省委代表会议形成的《提纲》和《新提纲草案》，并作了工作报告。根据《新提纲草案》，会议决定将抗联7军改编为2支队，任命王汝起为第2支队长。抗联4军留守部队一部编人第二路军直属部队。抗联5军和抗联10军因远离总部而没有改编为支队。5月29日，第二路军直属部队也召开党员大会，会议听取了赵尚志的政治报告，并通过了坚决拥护新工作提纲、坚持东北游击运动的决议。

　　抗联7军党的代表会议和抗联第二路军直属部队党员大会的召开，使第二路军全体指战员统一了思想认识，坚定了抗战信心，为第二路军在极为艰苦的环境下继续开展抗日游击战做了思想准备。之后，第二路军各部便按照新的部署，积极投入到对日伪军的战斗中。

　　1940年夏，青纱帐起，抗联第二路军各部利用有利的自然条件，对敌人进行频繁袭扰。抗联第二路军直属部队在夏季共与敌进行战斗多次，毙俘敌兵数十人，炸毁20余辆客货车、2辆机车和2座铁路桥梁，攻陷1处“集团部落”，并缴获大量军需物资。

　　抗联7军改编为2支队后，支队长王汝起率1大队向同江、富锦和抚远边界地区转移。同年5月，该部在大岱问与一支伪山林警察队展开激战，支队长王汝起不幸牺牲，王效明接任2支队支队长，率领2支队继续战斗。入冬，饶河的敌情更加严重。2支队在饶河蛤蟆顶子储存的粮食、蔬菜悉数被敌人毁掉，指战员们为了坚持斗争，又把敌人毁坏扔掉的冻萝卜和土豆碎片一点点收集起来，以支持漫长的冬季战斗生活。由于部队不停顿地战斗、行军』口之给养不足，战士战死、冻死、饿死及掉队的人数日益增多。在这种情况下，2支队根据二路军总指挥部命令，除留副支队长刘雁来率10余人继续在饶河、虎林活动外，其余队员在王效明带领下进入苏境。刘雁来则率10余人的小部队积极开展群众工作和收集敌情活动，直至1943年11月才人苏。

　　分别活动在穆棱、宁安和五常、舒兰地区的抗联5军和抗联10军，在敌人重兵包围、且与上级失去联系的情况下，仍顽强地坚持抗日游击活动，直到1941年12月才退人苏境。抗联10军自1940年春以来，一直孤军战斗在五常、舒兰交界的偏僻山区。同年6月，抗联10军与到此地活动的抗联第一路军第三方面军协同作战。1941年1月，抗联10军遭敌围攻。激战中，军长汪雅臣身负重伤，壮烈殉国。突出重围的抗联10军余部，后转移到拉林河上游山区，继续坚持游击战。

　　声东击西、避实就虚，积极开展小群游击战，是二路军在丧失抗日游击根据地和敌人频繁“围剿”的情况下采取的一种游击策略。部队化整为零后，运用机动灵活的游击战术，积小胜为大胜，从而保证抗联部队度过了最艰苦的阶段。