中共吉东、北满临时省委在组织东北抗日联军主力部队西征的同时，还留有少数抗联部队在原地坚持开展反“讨伐”斗争，以钳制日伪重兵，配合主力部队西征。

　　在吉东，抗联第二路军主力开始西征后，第二路军总指挥部领导抗联4军留守处、抗联5军3师、抗联7军等留守部队展开了艰苦的反“讨伐”斗争。在此期间，留守处骑兵连在宝清大叶子沟、李金围子建立了游击区，并发展了队伍。由于这支部队的保护，抗联4军密营中的伤病员得到妥善安置与治疗。

　　抗联5军3师根据第二路军总指挥部的命令，在原地坚持开展反“讨伐”斗争。1938年3月18日，300余日伪军向宝清尖山子五军密营逼进。为拖住敌人，该师1连的16名战士与敌人展开殊死战斗，最后连长李海峰等12名战士壮烈牺牲，用生命和鲜血保护了密营。

　　12月下旬，吉东党组织在抗联5军密营召开临时会议，决定将中共吉东省委改组为中共吉东省委执行部，周保中任执行部主席。

　　1939年3月以后，日伪当局出动6 000余兵力，对抗联第二路军总指挥部和抗联5军活动区域再次发起大“讨伐”。中共吉东省委执行部于3月30日至4月1日，在牡丹江四道河子召开省委扩大会议，提出“再振旗鼓，收集联军各部，力加整顿，坚持斗争”的方针，并作出迅速突破敌人包围的决定。随后，抗联第二路军总部及抗联5军分另rJ以宝清、密山及穆棱、宁安为目标，积极组织突围。经月余苦战，终于冲破敌人的重重封锁，夺取突围战斗的胜利。

　　抗联7军在代理军长崔石泉的率领下，在游击区内与日伪军巧妙周旋。1938年9月，抗联7军军部和少年连伏击了伪军政部高级官员日野武雄乘坐的汽艇，并将其击毙。伪满《大同报》曾哀叹“满洲国防将星陨落一个”。

　　抗联8军在严峻的形势面前，拒不服从抗联第二路军总指挥部的命令，为躲避敌人“围剿”，军长谢文东率部潜入深山密林。1939年3月，早已动摇的谢文东率军部人员投敌。

　　在北满，临时省委决定抗联主力部队开始向海伦西征后，责成下江特委书记高禹民和抗联6军政治部主任徐光海负责对留守部队的领导。留守的抗联6军1师、抗联3军4师及抗联11军部分队伍主要在松花江下游一带坚持游击战；在松花江南岸的延寿、方正，则留有抗联3军2师开展游击活动。

　　1938年夏、秋两季，抗联6军1师在富锦、宝清、汤原、萝北一带开展游击活动。11月，徐光海在一次战斗中牺牲。翌年春，1师在代理师长陈绍宾的率领下转移到汤原东部山区活动。抗联3军4师则随着敌人“讨伐”的加剧，化整为零、分散活动。抗联3军2师在政治部主任吴景才的率领下，于1938年夏在松花江南岸方正、延寿、珠河一带分散进行游击活动。10月，吴景才在作战中牺牲。抗联3军4师主要在宝清、勃利、桦川、富锦等地，化整为零，分散进行游击活动。同年冬，部队陷入困境，最后退人苏联境内。1939年2月，抗联9军军长李华堂在率部进攻方正的山元木场时，腿部负伤，后进山养病。同年夏，北满抗联部队所建后方密营在敌人“讨伐”中大部被破坏，面对艰难境况，李华堂带30余人投敌。抗联11军留守部队一直在富锦、桦川交界地带活动，曾于富锦国强街基附近袭击敌人一筑路工棚，缴获部分给养。

　　1939年6月末，在松花江下游的抗日斗争形势极为严峻的时刻，赵尚志(于1938年1月为寻找中共中央关系和寻求苏联援助赴苏，过境后即遭苏方无故扣押，一年半后被释放。)等率100余抗联战士从苏联回到东北，并立即在佛山、汤原一带开展抗日游击活动。首战攻袭了佛山县乌拉嘎金矿，不久又在汤原北部袭击了日本关东军武装测量队。12月，因给养断绝，活动困难，赵尚志率队再次进入苏境。

　　吉东、北满抗联留守部队的反“讨伐”斗争，是在主力部队远离根据地和日伪重兵重重包围的情况下进行的。在省委的坚强领导下，面对几倍、十几倍乃至几十倍敌人的疯狂进攻，抗联指战员运用机动灵活的游击战术，坚持与敌人周旋斗争，终于完成了配合主力部队远征的任务，保证了东北抗日联军这一时期战略目标的实现。