从2006年开始，农村税费改革将进入新的阶段，改革重点将转向以乡镇机构、农村义务教育和县乡财政体制等为主要内容的综合配套改革。我们的任务是，一方面要千方百计防止农民负担反弹，一方面要继续发展农村的各项社会事业，两者不可偏废。关键要解决好两大问题：一是如何完善和构建合理的乡村治理结构，包括行政管理和村民自治两个系统，根本解决“食之者众、生之者寡”的问题；二是如何扩大公共财政覆盖农村的范围和领域，从制度上保证农民能够均等地享有政府提供的公共产品和公共服务。具体应做好三方面工作：

　　(一)加快推进以乡镇机构为主的行政体制改革。这是下一步农村税费改革的重中之重。当前和今后一个时期，应着重搞好乡镇一级的机构改革。现在乡镇一级政府机构和人员太多，职能定位也不合理，应当抓住农业税取消的契机，加快推进改革。推进乡镇机构改革，不仅要在精简机构、缩减编制和分流人员上下功夫，更重要的是转变职能。乡镇一级政府是最贴近农民的一级政府，应当不折不扣地落实好党在农村的各项政策，执行好国家的各项法律法规。社会管理方面，应当更多地强调秉公办事、调处纠纷、方便群众、社会治安等内容；公共服务方面，应当更多地强调帮助农民解决看病难、上学难、行路难、吃水难等实际问题；维护稳定方面，应当更多地强调切实保障农民的合法权益、带着感情做农村工作、学会同农民群众打交道。总的看，乡镇职能应当尽可能减少直接跑项目、办企业、搞经营，而应当更多地转到制定发展规划、搞好基础建设、改善投资环境等方面上来。

　　(二)加快推进农村义务教育体制改革。从战略和全局的高度，把农村义务教育摆到整个教育发展的战略地位，把农村义务教育作为整个农村社会事业发展的优先领域。加快推进农村义务教育管理体制改革，继续巩固和完善“在国务院领导下，由地方政府负责、分级管理、以县为主”的管理体制。进一步明确各级政府在农村教育发展和支出上的事权，巩固以财政投入为主的经费保障机制，中央和省级财政要更多地承担起发展农村义务教育的责任，进一步加大对农村义务教育的投入力度，保证在取消农业税后农村义务教育投入经费不减少。同时，加快教育行政管理体制改革，精简教师队伍，提高教师素质。建立城乡教师交流制度，鼓励和引导城镇教师到乡村执教。继续做好农村中小学布局调整工作，提高教育资源使用效率。

　　(三)加快推进县乡财政体制改革。进一步调整财政支出结构，逐步把不应该由农民负担的公共支出列入财政支出范围，不断增加财政对农村基础设施建设和社会事业发展的投入。建立规范的财政转移支付制度，加大对农村基层的财政支持和转移支付力度。根据农业税取消后相当一部分县乡失去主体税种的实际情况，按照事权与财权统一的原则，适当调整县乡的事权，赋予其必要的财权，提高县乡财政的自我保障能力。有条件的地方，可加快实行财政省直管县、乡财县管乡用和“以奖代补”等体制和办法。