经过长期建设，我国农业综合生产能力已显著提高，但与全面建设小康社会的要求和人们对农产品不断增长的需求相比，仍有很大差距。突出的问题主要有四个方面：一是耕地和水资源短缺。我国人均占有耕地和水资源较少，而消耗较大。人均占有耕地资源只相当于世界平均水平的40%，人均水资源占有量仅为世界平均水平的1/4。与此同时，耕地数量减少和耕地质量下降的趋势一直未能得到有效控制。1998年-2004年，我国耕地面积从19.5亿亩减少到18.5亿亩。目前，我国耕地质量总体偏低，中低产田面积占耕地总面积的65%以上；全国耕地土壤有机质含量平均为1.8%，比欧洲同类土壤低1.5-3个百分点。农业用水缺口每年超过400亿立方。耕地和水资源缺乏，将是长期制约我国农业发展的突出问题。二是农田水利设施薄弱。目前，全国大型灌区骨干建筑物的完好率已不足40%，工程配套率不足70%，工程老化、年久失修、渠系不配套的问题十分突出。由于农田水利建设滞后，加上水资源短缺，8亿多亩有灌溉条件的耕地，每年有1亿亩左右不能得到灌溉。三是农业科技支撑能力不强。当前，我国农业科技投入占农业增加值的比重不到0.6%，而发达国家一般在2%以上，发展中国家也都超过1%，农业重大科技成果储备不足，优良品种和先进适用技术普及率较低，农业生产的科技贡献率只有45%左右，比世界发达国家的平均水平要低20-30个百分点。农业的物质装备水平较低，每千公顷耕地拥有的农用拖拉机数，世界平均水平为19台，而我国仅8.6台，不及一半。四是农业基础设施建设投入缺口较大。目前中央财政用于“三农”的支出约2600亿元，仅占总支出的12%左右。农业贷款只占全社会贷款总额的5%左右，与农业增加值占GDP15.2%的比重很不相称。农村税费改革后，农业基础设施建设新的投入机制还没有建立起来，全国农民兴修农田水利投工量，1998年超过100亿个工日，2003年减少到47亿个，2004年估计不到30亿个，即使每个工日只按10元计算，今后每年仅农田水利建设投入的缺口都要超过700亿元。

　　提高农业综合生产能力是发展农村生产力的关键，是当前和今后一个时期农业和农村工作的一项中心任务。这既有利于抵御农业自然风险，又有利于防范农业市场风险，既能够大幅提高土地产出率，又能够迅速提升农产品竞争力，是确保国家粮食安全的核心，是增加农民收入的必然要求，是农业现代化建设的重要内容，也是全面建设小康社会的重大举措。只有破解了这个难题，才能夯实农业持续稳定发展的基础；只有做好了这项工作，才能进一步促进农村繁荣。

　　提高农业综合生产能力是一项长期任务，需要坚持不懈地努力。当前看，主要是增强“六个能力”：一是增强耕地资源产出能力。处理好农业用地与建设用地的关系，坚持实行最严格的耕地保护制度，搞好建设规划，减少耕地占用，确保基本农田数量不减少，用途不改变。同时，处理好用地与养地的关系，搞好“沃土工程”建设，努力培肥地力，提高耕地质量，不断提高耕地的产出水平。二是增强农田水利保障能力。加快实施以节水改造为中心的大型灌区续建配套，设立“小型农田水利补助专项资金”，对农民兴修小型水利和购买使用节水灌溉设施给予适当补助，鼓励农民对直接受益的小型农田水利设施建设投工投劳，改善农田水利条件，实现旱涝保收。三是增强农业科技创新能力。大幅度增加农业科研投入，提高国家科技投入用于农业的比重，形成稳定的投入增长机制。继续实施“种子工程”、“畜禽水产良种工程”和“科技入户工程”。用激励机制推动农业科技创新，用市场机制促进农业科技成果转化，用体制改革整合农技推广的资源和力量，用政策扶持引导农户应用农业科技，努力提高科技对农业增长的贡献率。四是增强农产品加工业转化能力。推进农业产业化经营，鼓励龙头企业以多种利益联结方式，带动基地和农户发展，建立产加销一体化的高效产业体系。鼓励和引导乡镇企业发展农产品加工业，促进农产品加工转化，提高农产品附加值。五是增强农业抗御灾害能力。加强重大动物疫病和植物病虫害防治体系建设，完善农业自然灾害和生物灾害的应急反应机制。开展政策性农业保险试点，帮助农民规避自然风险，减轻灾害给农民带来的损失。六是增强农业发展综合配套服务能力。制定建设规划，加强政策引导，明确职责分工，多渠道增加投入，加快种养业良种体系、农业科技创新与应用体系、动植物保护体系、农产品质量安全体系、农产品市场信息体系、农业资源与生态保护体系、农业社会化服务与管理体系等农业“七大体系”建设，为现代农业建设提供支撑条件。