金章宗末年，自然灾害较为严重，上京的繁荣已成为过去。泰和八年(1208年)十一月金章宗病逝，章宗的皇叔卫绍王永济继位。同时，蒙古大汗成吉思汗叛金自立，开始进攻金朝的北方，并迅速占领长城以北的广大地区，于1213年又突破了长城防线，进入黄河平原。到1215年成吉思汗率领蒙古军劫掠并占领了金朝的北京。至金哀宗天兴二年(1234年)蒙宋联军攻破蔡州城，在战火中即位的金末帝完颜承麟则死在乱军之中，金朝遂亡。

　　从1115年阿骨打建国称帝到1234年完颜承麟在蔡州身亡，金代经历了长达119年的历史，而金上京地区则早在1218年就陷落在蒙古骑兵的铁蹄之下。由于在金朝后期，上京行省完颜太平与万奴勾结，受万奴之命焚毁了上京宗庙等大规模的建筑，以及上京守军在与抵抗万奴的作战中，上京城遭到了严重破坏，但上京城在元明时期仍被沿用，上京的最后废弃，是在清代。